Las primeras botellas de 1935 eran de vidrio. Una vez consumido el producto, las botellas se recogían para poder limpiarlas y reutilizarlas. Un dato curioso es que, a partir de ahí, se crearon las bases de Yakult Cosmetics.

En los años 50, se lanzó una nueva botella de Yakult  en Japón, tras establecer allí la sede de la empresa en 1955.

Después de varias modificaciones, aquel nuevo modelo de vidrio se usó hasta la creación de la primera botella de plástico en 1968, año en que todas las botellas de vidrio se sustituyeron por el modelo nuevo de plástico.

El aspecto único de la botella como lo conocemos hoy en día fue creado por el diseñador japonés Isamu Kenmochi. Su cometido era crear una botella que fuese original, estable, fácil de coger y que pudiese reconocerse al instante en todo el mundo.

Como material se seleccionó el poliestireno, que es degradable e higiénico. Cada botella necesita solo 3 gramos de poliestireno para su fabricación. El diseñador Isamu Kenmochi era uno de los diseñadores industriales más conocidos en la época de los 50 y los 60. Fue galardonado con varios premios internacionales de prestigio. Una de sus obras maestras fue la silla japonesa Kashiwado (1961).

Esta silla fue creada especialmente para el famoso luchador de sumo Kashiwado y, hoy en día, aún puede encargarse su fabricación a medida. La silla puede verse en varios museos estadounidenses. El diseño más famoso de Kenmochi es una butaca redonda hecha de bambú.

Yakult produce sus propias botellas en sus fábricas para garantizar una higiene óptima y para que la producción de las mismas sea siempre acorde a la producción total.